Sérstaða Tónmenntaskólans er nokkur meðal tónlistarskóla á Íslandi.  Í því sambandi má nefna:

• Nemandi sem hefur nám í Tónmenntaskóla Reykjavíkur þarf að eiga heima Reykjavík og hafa náð sex ára aldri það ár sem nám hefst. Undantekning er fiðluforskóli fyrir 5 ára börn. 
• Tónmenntaskólinn einskorðar sig við kennslu barna á grunnskólaaldri (um 6 til 16 ára).
• Nemendum Tónmenntaskólans er skipt í bekki nokkurn veginn eftir aldri.
• Tónfræðagreinar eru kenndar í bekkjum í fámennum hópum og er skylda fyrir alla nemendur í 1. – 8. bekk skólans að sækja þessa hóptíma.
• Samvinna við íslensk tónskáld er fastur liður í starfsemi skólans.